El juego tiene lugar en un campo de juego que consta de varias paredes, con los átomos dispersos por todas partes. El jugador tiene la tarea de ensamblar una molécula a partir de los átomos. Los átomos deben organizarse para que coincidan exactamente con la molécula que se muestra en el lado izquierdo de la pantalla.
El jugador puede elegir un átomo y moverlo en cualquiera de las cuatro direcciones cardinales. Un átomo movido sigue deslizándose en una dirección hasta que golpea una pared u otro átomo. Resolver los rompecabezas requiere una planificación estratégica para mover los átomos, y en niveles posteriores con poco espacio libre, incluso encontrar espacio para la molécula completa puede ser un problema.
Una vez que se ensambla la molécula, el jugador recibe una puntuación; cuanto más rápido se complete el rompecabezas, mayor será la puntuación.
Cada rompecabezas debe completarse dentro de un límite de tiempo. El juego completo consta de 30 puzzles de dificultad creciente.