El Museo Prijepolje se abrió en 1990 con una compleja colección de museos. En 1995, se le otorgó el estatus de museo regional que cubre los territorios de los municipios de Prijepolje y Priboj.
Durante 30 años, el Museo Prijepolje ha llevado a cabo importantes proyectos para la reconstrucción de monasterios medievales demolidos, reconstrucción y protección de monumentos islámicos, investigación científica y reconocimiento de terrenos, reuniones científicas, conferencias, exposiciones de museos en el país y en el extranjero y grandes proyectos de artes visuales. El proyecto de reconstrucción y ampliación del edificio del museo (2005-2007) con los fondos del Plan Nacional de Inversiones se designó como un proyecto prioritario en la cultura de Serbia.
El 19 de mayo de 2012 en Portugal, en el concurso de 59 museos europeos, el Foro Europeo de Museos bajo los auspicios del Consejo de Europa otorgó al Museo de Prijepolje el reconocimiento especial para desarrollar proyectos nacionales de autor financiados por el Ministerio de Cultura de la República de Serbia por la influencia social positiva en el complejo y delicado entorno multiétnico, trabajando estratégicamente para presentar y preservar el patrimonio cultural y logrando establecer la cooperación con los museos nacionales de la región, allanando el camino para la cooperación a pesar de la situación política desfavorable. Esta recomendación es el primer reconocimiento de este tipo que se otorga no solo en Serbia, sino en la región más amplia de esta parte de Europa. El premio es un gran reconocimiento, no solo para el Museo Prijepolje, sino también para la museología serbia en general.