Jij, een superagent genaamd Mr. Justice, bent op een missie om Mr. Thorne samen met uw team te vermoorden. Tijdens deze missie ben je in een hinderlaag gelopen: al je teamgenoten zijn verdwaald of gedood. Je kon echter met een boot ontsnappen naar een verloren eiland inclusief een (geheim) bunkerhol. Het spel begint hier.
Er zijn twee belangrijke gameplay-elementen:
1. Verdedig je eiland/bunker en upgrade het om je voorraad te verdedigen tegen inkomende vijanden.
2. Val eilanden aan die door Mr. Thorne zijn veroverd omdat ze verdwaalde agenten/gijzelaars waren, voorraden vonden en uiteindelijk Mr. Thorne zelf vermoorden.
Tijdens het spel vind je nieuwe teamgenoten, die je zelf kunt besturen of taken kunt geven om je eiland te verdedigen, nieuwe voorraden te scouten of technische taken te geven.