easy Primer Design

easy Primer Design

Acerca de esta app

easy Primer Design es una herramienta que lo ayuda a diseñar sus cebadores de PCR en cualquier lugar de manera eficiente: en el banco mientras espera un experimento, en su camino hacia o desde el trabajo o en la oficina. Simplemente pegue su secuencia de nucleótidos y especifique sus requisitos para generar secuencias de cebadores para su aplicación de clonación por PCR.

Características:
-Use el botón de pegar para ingresar su secuencia. ¿El CDS/secuencia ingresado contiene números, espacios, saltos de línea, letras mayúsculas o minúsculas? ¡No importa! Easy Primer Design elimina números, espacios y saltos de línea y cambia todo a letras mayúsculas.
-Ingrese su secuencia sin el codón de inicio y finalización (y obtenga un mensaje de advertencia si olvidó eliminar uno de ellos) para ser flexible para el diseño de cebadores para plásmidos con etiquetas N-terminal o C-terminal.
-Elija entre más de 20 sitios diferentes de enzimas de restricción, la clonación Golden Gate es compatible a través de BsaI y BsbI, incluso puede ingresar al voladizo
-Obtener mensajes de advertencia si la enzima elegida cortaría la secuencia ingresada
-máxima flexibilidad a través de la opción de enzima de restricción 'otro', ingrese su sitio de enzima de restricción si no está en la lista - ¡se admiten secuencias no palindrómicas! Si su sitio de restricción ingresado está presente en su secuencia ingresada o en su complemento inverso, ¡recibirá un mensaje de advertencia!
-Obtenga un mensaje de advertencia para evitar errores comunes de 'copiar y pegar', si su secuencia ingresada contiene un codón incompleto.
-incluya una secuencia KOZAK en el cebador directo si desea una
-Elija si necesita un codón de inicio y si necesita un codón de finalización (se pueden seleccionar los 3 codones de finalización comunes)
-ingrese una temperatura de fusión para sus cebadores, se calcula utilizando la temperatura de fusión ajustada por sal
-ingrese la concentración de sal (Na+)
-ingrese una extensión de extremo 5' para ambos cebadores
-los cebadores se generan para terminar con G o C
-Se muestran la temperatura de fusión, el contenido de G/C y la longitud de la imprimación
-proceso de diseño transparente! ¡Se muestran todos los pasos intermedios! ¡Sus opciones seleccionadas se muestran debajo de los resultados finales!
-botón de copia para copiar todo el resultado y enviarlo por correo electrónico a su PC de escritorio para los siguientes pasos de diseño o guardarlo como un archivo.
-Actualización de la versión 0.03: nueva característica 'DeletionIn': lo ayuda a diseñar cebadores para PCR de extensión superpuesta para eliminar regiones internas específicas de una secuencia (por ejemplo, eliminar dominios)
-Actualización de la versión 0.045: la nueva característica 'Mutación' lo ayuda a diseñar cebadores para PCR de extensión superpuesta para mutar un codón específico en su secuencia para codificar otro aminoácido
-Actualización de la versión 0.060: nueva característica: 'DeletionNC': lo ayuda a diseñar cebadores para eliminar regiones terminales N (5 ') o C (3') de su secuencia
-Actualización de la versión 0.080: nueva característica: 'Inserción': deslícese hacia la izquierda en el menú principal superior y encuentre ayuda para diseñar cebadores para PCR de extensión superpuesta para insertar una secuencia de inserción en su secuencia
- Actualización de la versión 0.085: nueva característica: 'Reemplazar': deslice el dedo hacia la izquierda en el menú principal superior para obtener ayuda para diseñar cebadores para PCR de extensión superpuesta, que reemplazan una región interna con una secuencia de inserción ingresada

Tenga en cuenta: la aplicación móvil Easy Primer Design no ofrece secuencias de cebadores listas para usar, solo lo apoya durante el proceso de diseño de cebadores. ¡El usuario tiene que validar cuidadosamente la exactitud de cada parte del resultado generado y llevar a cabo todas las demás pruebas necesarias!

¡Feliz clonación! -Espero eso ayude :)

Novedades

-New Feature: Replace - swipe left in the top main menu to get help for designing primers for overlap extension PCR, that replace an internal region with an entered insert-sequence
-help section updated