La historia de Sudán del Sur comprende la historia del territorio del actual Sudán del Sur y de los pueblos que habitan la región.
Sudán del Sur se separó de la República de Sudán en 2011. Geográficamente, Sudán del Sur no forma parte en absoluto de la región de Sudán (el Sahel), y forma parte del África subsahariana. Sin embargo, en la terminología moderna, incluye partes de la sabana del este de Sudán. Su inclusión en "Sudán" se debe a la expansión hacia el sur del Khedivato otomano de Egipto en el siglo XIX, y su consiguiente inclusión en el Sudán mahdista, el Sudán angloegipcio y la República de Sudán durante 1885 a 2011.
Sudán del Sur está habitado principalmente por pueblos de habla nilo-sahariana, con minorías de habla Níger-Congo. Históricamente, lo que hoy es Sudán del Sur estuvo dominado por pueblos de habla sudanesa central, pero la presencia de pueblos nilóticos también se puede suponer desde tiempos prehistóricos. Aproximadamente desde el siglo XIV, tras el colapso de los reinos cristianos nubios de Makuria y Alodia, los pueblos nilóticos llegaron gradualmente a dominar la región.