El cifrado pitagórico es un criptosistema de la criptografía clásica, más antiguo en el tiempo que otros sistemas como el cifrado César. Fue descrita por los pitagóricos basándose en la teoría musical iniciada por Pitágoras, y fue ampliamente utilizada por el imperio griego durante la Segunda Guerra Púnica.
Según Plutarco, el imperio romano prefirió adoptar el cifrado César porque era más sencillo que el cifrado pitagórico, y también por las limitaciones de este tipo de cifrado debido al problema del quinto lobo, que provocaba errores en el proceso de descifrado derivados de la desviación por la coma pitagórica. Se puede encontrar una descripción del procedimiento en la obra de Plutarco, además de una comparación con el cifrado escítalo espartano.
Según otros historiadores, esta cifra requería de criptólogos o escribas versados en teoría musical y con un oído musical muy culto. Y aunque permitía su transmisión a grandes distancias utilizando diferentes instrumentos musicales de la época, prevalecieron otros sistemas.
El filósofo Platón se refiere en un fragmento de sus diálogos a un sistema antecesor al de Pitágoras utilizado por los atlantes. Incluso en él se sugiere una influencia evidente en su definición y uso. Debido a que no existen documentos sobre la Atlántida, ni sobre su existencia real, esta afirmación no puede ser corroborada.
La mejora de los sistemas de notación musical producidos en la Edad Media permitió la difusión de este tipo de cifrado clásico, además de permitir la proliferación de variantes. Pero igualmente, los problemas derivados del temperamento resultantes de la afinación pitagórica, hacían que se incurriera constantemente en problemas durante el descifrado, aunque el criptograma se transmitía por escrito en un pentagrama y no mediante la emisión de sonidos mediante un instrumento musical. Además, la constante confusión en los criterios de encriptación en una época en la que no existían consensos como la entonación justa. En ese momento no había estándares musicales y complicaba el método de cifrado a pesar de que ambas partes estaban en posesión de la clave simétrica y el procedimiento.
Según algunas crónicas, el criptosistema fue crucial durante la invasión musulmana de Al-Andalus, siendo utilizado para la transmisión de importantes mensajes militares. Algunos cronistas de la época aseguran que, gracias a la poca difusión de la misma, había muchas culturas que desconocían este método de encriptación, lo que jugaba a favor de ser una fortaleza para los criptoanalistas.
Durante el Renacimiento, gracias a la aparición de nuevos temperamentos, algunos criptogoles prefirieron el cifrado pitagórico al cifrado Vigenère. Hubo un animado debate sobre la susceptibilidad de ambos criptosistemas al análisis de frecuencia y la cantidad de criptogramas necesarios para romper cualquiera de los métodos. Lo cierto es que la sencillez de los sistemas clásicos de sustitución suponía una gran ventaja frente al procedimiento basado en la teoría musical, que requería una mayor curva de aprendizaje. Por otro lado, la transmisión oral no se presentaba como una ventaja, de hecho, acababan enviando los mensajes a través de una codificación musical escrita. Lo que también parecía una contradicción en comparación con la descripción original del procedimiento según diversas fuentes.
Actualmente, el cifrado pitagórico sólo tiene interés pedagógico, siendo estudiado como un apartado introductorio dentro de los criptosistemas clásicos. Es cierto que hay algunos estudiosos que argumentan que en el momento en que se definió, era un criptosistema avanzado para su época y muy robusto en comparación con otros métodos contemporáneos. Pero igualmente, son muchos los que creen que su complejidad no estaba justificada, pues existen alternativas más sencillas y ágiles que ofrecen una seguridad equivalente.