La Iglesia, inicialmente dedicada a Santa Maria degli Angeli, fue fundada por Manfredi III de Chiaramonte entre 1371 y 1383 y confiada a los monjes benedictinos de San Martino delle Scale. Una vez que terminó el poder de Chiaramonte, pasó bajo el control real y cayó.
Después de 107 años de abandono total, el arzobispo Giovanni Paternò, por concesión real, obtuvo el cuidado de la Iglesia con la obligación de mantener allí a los monjes y la restauración de las estructuras. Enriqueció el sitio con un adecuado sistema de abastecimiento y distribución de agua y, aprovechando un manantial cercano, construyó algunas fuentes, plantó jardines y cultivos. En 1510, comenzó los trabajos de restauración y embellecimiento al final de los cuales, dedicó la Iglesia a San Giovanni Battista. En esta ocasión, hizo colocar una estatua del santo esculpida por Gagini en el interior de la iglesia y que se convirtió en el centro de atracción de los palermitanos que comenzaban a peregrinar hasta allí.
En 1596 la iglesia y el convento fueron concedidos a los Frailes Menores de San Francisco que han vivido allí desde entonces.
La fachada que da a poniente está precedida por un pórtico almenado con tres luces: respectivamente dos ventanas laterales de una sola luz con rejas y una central de acceso. El pasaje está delimitado por pilares, rematados en la ojiva por el escudo con las armas de los Chiaramonte, esparcidos por la fachada están los de Paternò, la Corona de Aragón, la ciudad de Palermo y la familia Xiabicha. En el vestíbulo con bóvedas de crucería se documentan frescos que representan dos episodios históricos: 1) Jesús expulsando a los mercaderes del Templo, 2) la Muerte de Heliodoro y el Árbol de la familia franciscana.
La parte superior con gablete inclinado presenta un arco con ventana ajimez inscrita, todo ello delimitado por un marco polilobulado. El portal de entrada es de Antonio Vanella de 1507 con dedicatoria y escudo de Paternò. El interior actual es el resultado de varias renovaciones. En 1753, a causa de un incendio, la cubierta atirantada fue destruida y sustituida por una bóveda de cañón; el arco triunfal del 1300 se revistió de estuco y se modificó el presbiterio.
En la década de 1950 se restauró el estado original de la Iglesia con el redescubrimiento del arco triunfal y el ábside de Chiaramonte; se construyó un altar de preciosos mármoles tras el cual se colocó un coro de madera del siglo XVI procedente de la Iglesia de la Gancia.
En 1986, otras renovaciones modernas alteraron la sencillez franciscana de la Iglesia.