La Facultad de Ingeniería de Anantapur se inició en Guindy, Madrás en 1946 y se trasladó a Anantapur en 1948. La facultad estuvo inicialmente afiliada a la Universidad de Madrás durante 1946-1955 ya la Universidad Sri Venkateswara, Tirupathi durante 1955-1972. En 1972, mediante una Ley de la Legislatura Estatal, se estableció la Universidad JNT en Hyderabad y la Facultad de Ingeniería de Anantapur pasó a formar parte de JNTU. Más tarde, en el año 2008, por una Ley de la Legislatura del Estado de AP, JNTU se dividió en tres universidades independientes, a saber, JNTU, Hyderabad, JNTU, Kakinada y JNTU Anantapur. JNTU College of Engineering, Anantapur se convirtió en un colegio constitutivo de JNTUA y pasó a llamarse JNTUA College of Engineering, Anantapur.