Epidemiologie chorob rostlin je studium nemocí v populacích rostlin. Stejně jako nemoci lidí a jiných zvířat se choroby rostlin vyskytují v důsledku patogenů, jako jsou bakterie, viry, houby, oomycety, hlístice, fytoplazmy, prvoky a parazitické rostliny. Epidemiologové zabývající se chorobami rostlin usilují o pochopení příčin a následků nemocí a vyvíjejí strategie, jak zasáhnout v situacích, kdy může dojít ke ztrátám plodin. Typicky úspěšná intervence povede k dostatečně nízké úrovni choroby, aby byla přijatelná, v závislosti na hodnotě plodiny.
Na epidemiologii chorob rostlin se často pohlíží z multidisciplinárního přístupu, který vyžaduje biologické, statistické, agronomické a ekologické perspektivy. Biologie je nezbytná pro pochopení patogenu a jeho životního cyklu. Je také nutné pochopit fyziologii plodiny a to, jak na ni patogen nepříznivě působí. Agronomické postupy často ovlivňují výskyt nemocí v dobrém i v horším stavu. Ekologické vlivy jsou četné. Původní druhy rostlin mohou sloužit jako rezervoáry pro patogeny, které způsobují onemocnění plodin. Statistické modely se často používají za účelem shrnutí a popisu složitosti epidemiologie chorob rostlin, aby bylo možné snáze porozumět chorobným procesům. Například srovnání mezi modely vývoje nemoci pro různé nemoci, kultivary, strategie řízení nebo prostředí mohou pomoci při určování toho, jak lze nejlépe zvládnout choroby rostlin. Tato politika může mít vliv na výskyt nemocí prostřednictvím akcí, jako je omezení dovozu ze zdrojů, kde se choroba vyskytuje.