Η ιστορία του μικρού αυτού Ναού, χάνεται στους περασμένους αιώνες.
Ο μικρός αυτός Ναός είναι ένα μεγάλο σύμβολο της Ορθόδοξης πίστης. Ακλόνητη μονάδα εν μέσω των αιώνων, δοκιμάστηκε σε μία περίοδο μεστή από πολέμους και καταστροφές αλλά κατάφερε να μεταφέρει στο σήμερα ζωντανές, πολύτιμες πληροφορίες για το μακρινό μας Ορθόδοξο παρελθόν.
Αποτελεί, εν γένει, ένα δείγμα εκκλησιαστικής λιτότητας που διατελεί προς διερεύνηση στα χέρια της Χριστιανικής και Βυζαντινής Αρχαιολογίας. Σκοπός της παρούσας μελέτης, είναι να διερευνήσει στο σύνολό του τον Ναό του Αγίου Θωμά, ως ένα ανεκτίμητο μνημείο μεταβυζαντινής, εκκλησιαστικής αρχιτεκτονικής, αλλά και ως μία κιβωτό αγιογραφικής τέχνης και πολιτισμού του 19ου αιώνα.