這是關於少女從廢棄醫院中逃生的故事。少女的名字叫做13,她不記得自己是誰,或者來自哪裡。對她來說,她唯一的信仰就是這座13號房。在這座廢棄醫院中有許多怪事,說著奇怪語言的僕役、從現實世界來的男人、不斷警告她如何活下去的醫生、隔壁房自稱為前輩的姊姊,以及那個怪異且冷酷的傢伙A。
少女在這座廢棄醫院探索自己的身世,來到了14號房,遇上了這裡的前輩梅菲斯特。梅菲斯特非常討厭少女,甚至憎恨到會重傷自己來忘記少女的存在。她緩緩道出這個世界的真相,原來她們一直處在一個既是現實世界,也不是的環境之中。
少女經歷了逃出醫院、走上天臺尋找機會等等機會。她冷靜思考,若自己在沒有記憶的狀況下回到現實之中,那不是同樣無助嗎?所以她打算尋找這世界的真相。也就是那個無人能靠近的地下室!
在地下室中,少女知道了自己是誰、要打敗誰、要利用誰等等。雖然她被前來營救的FBI救了回去,但惡夢卻沒有因此結束。那個計畫了這一切的男人,浮士德仍悄悄望著她的身體,等待時間好搶奪走。