官宦世家出身,父親紀容舒是著名的考據學家,做過京官。紀昀自幼聰穎過人,有「神童」之稱。
清高宗乾隆十二年(1747年)鄉試解元,乾隆十九年(1754年)中進士,入選翰林院庶吉士。散館授編修,遷左春坊左庶子。京察後,授貴州都勻府知府。因乾隆帝賞識其學問,加四品銜,留任庶子。不久,升翰林院侍讀學士。
乾隆三十三年(1768年)因給親家盧見曾通風報信而捲入鹽政虧空案被發配新疆烏魯木齊,於沿途積極與當地人交流,寫了不少的作品,後整理成冊,即為著名的《閱微草堂筆記》。紀昀反對理學,《閱微草堂筆記》和《四庫全書總目提要》中有相當深刻的反映。
二年後因乾隆帝修書需要,由劉統勛薦舉,將其從新疆召回,於乾隆三十八年(1773年)起,任《四庫全書》館的總纂官,收書三千五百零三種,共七萬九千三百三十七卷;又修《四庫全書總目提要》、《熱河志》。歷任編修、左庶子、兵部侍郎、左都御史、禮部侍郎。
清仁宗嘉慶元年(1796年),任兵部尚書,移任左都御史。次年,又遷任吏部尚書。嘉慶十年(1805年),任協辦大學士、加太子少保。同年在燕京病卒,享壽八十二歲。生前自撰輓聯:「浮沉宦海如鷗鳥,生死書叢似蠹魚。」朝廷賜銀五百兩治喪,予諡文達。《清史稿》有傳。
《清史稿》贊紀昀「學問淵通」。作為當時華北著名的才子,紀昀與杭州袁枚齊名,俗稱「北紀南袁」,兩人也曾在各自的著作中提起對方。
禮親王代善之後昭槤評價他:「北方之士罕以尉博雅見稱於世者,惟曉嵐宗伯無書不讀,博覽一時。所著《四庫全書總要》總匯三千年間典籍,持論簡而明,修辭淡而雅,人爭服之。今年八十猶好色不衰,日食肉數十斤,終日不啖一粒穀,真奇人也。」(《維基百科》)