1616년 영국 옥스퍼드 주 스태드햄프턴에서 헨리 오웬 목사의 둘째 아들로 태어났다. 뛰어난 지적 능력을 가지고 있었던 그는 이른 나이에 옥스퍼드 퀸스 대학에 들어갔다. 대학을 졸업할 즈음 이미 그는 수많은 고전에 통달해 있었고, 헬라어와 라틴어를 유창하게 구사하였으며, 히브리어와 랍비들에 관한 지식에 있어서도 탁월했다. 오웬은 청교도 혁명을 이끌었던 올리버 크롬웰과 친분을 쌓게 되었고 그의 군종 목사를 지냈다. 결국 그는 크롬웰의 영향력으로 1652년 옥스퍼드대학교 부총장의 자리에 오르기도 했다. 그러나 왕정이 복구되고 나서는 반 추방 형태로 집에서만 지내게 되었다. 이 시기에 배출된 80여 권에 달하는 그의 주옥같은 작품들은 삼위일체론, 신론, 기독론, 성령론, 구원론, 예정론, 성경의 무오성 등등에 걸친 것으로 기독교의 진리를 누구보다 방대하고 체계적으로 저술하고 있다. 자신이 이해한 심오한 은혜의 교리와 하나님의 나라의 비밀을 전하는 데 있어 어떤 조건에서도 흐트러짐이 없었던 그는 문자 그대로 개혁신앙의 최고봉이었다.