Historien begynder to generationer efter forliset, da arkæologen Nina Kirov flygter fra et terrorangreb på sit udgravningssted og reddes af Kurt Austin og hans besætning på et NUMA-forskningsskib. Et hold arkæologer er vel ikke det mest oplagte terroristmål, og Kurt Austin undrer sig. Men da han kommer under vejr med fundet af et mumificeret lig med initialerne C.C. i et oversvømmet mayatempel og en armeret vogn, der gik ned sammen med Andrea Doria, er scenen sat til et undervandseventyr dybt nede i skibets skrog skarpt forfulgt af medlemmerne af et hemmeligt spansk broderskab, der angiveligt skulle have været opløst for mere end 300 år siden.