Jean-Luc Einaudi est né à Paris en 1951. Son père, d'origine italienne, était alors ouvrier et sa mère employée. Il a passé son enfance en banlieue parisienne, à Alfortville, où il a effectué toute sa scolarité primaire au groupe scolaire Octobre. La famille s'étant installée en Bretagne, dans la ville de Fougères, le jeune adolescent s'intéresse aux mouvements révolutionnaires qui agitent alors le monde, en particulier l'Amérique latine, et fait partie de la génération qui se révolte contre la guerre américaine au Viet-Nam. Il lit le journal L'Humanité nouvelle et découvre certaines oeuvres de Mao Tse toung. En 1968, lycéen, aux côtés de syndicalistes ouvriers, il prend part activement au mouvement populaire qui secoue la ville de Fougères comme le reste de la France.
De retour à Paris, tout en menant des études de philosophie puis en étant instituteur, il s'engage de plus en plus dans l'action militante en écrivant dans le journal L'Humanité rouge, d'abord hebdomaire puis quotidien, dont il deviendra rédacteur en chef. En 1982, faisant le bilan des réalités du socialisme dans l'histoire et dans le monde, il rompt avec son engagement politique. Il devient éducateur de jeunes en difficulté, en banlieue parisienne, et le restera jusqu'à son départ à la retraite en 2011.
A partir de 1982, il entreprend des recherches sur la période de la guerre d'Algérie et publie, en 1986, un premier livre Pour l'exemple-L'affaire Fernand Iveton que préface le grand historien Pierre Vidal-Naquet. Depuis, il a publié une quinzaine d'ouvrages.
Jean-Luc Einaudi est particulièrement connu pour son rôle dans la connaissance et la reconnaissance du massacre d'Algériens à Paris en octobre 1961, par la police française sous les ordres du Préfet Maurice Papon. Il a également réalisé plusieurs grands reportages pour la télévision. On le qualifie habituellement d'historien mais, quant à lui, il ne se définit pas comme tel. En 2013, il publie un nouvel ouvrage: Le Dossier Younsi - 1962: procès secret et aveux d'un chef FLN en France.