Jacob og hans nye sælsomme venner er flygtet fra øen Cainholm. De beslutter sig for at rejse gennem en tidssløjfe til sælsomhedens hovedstad, London, for at befri Frøken Peregrine fra den fuglekrop, som hun er fanget i. Med hollower og gejster i hælene bevæger børnene sig gennem 1940’ernes krigsramte landskab, hvor både nye allierede og rædselsvækkende oplevelser venter på dem.