Gilles Ayotte travaille au Département de phytologie de la Faculté des sciences de l’agriculture et de l’alimentation de l’Université Laval depuis 1975. Il est chargé de travaux pratiques pour différents cours reliés à la botanique. Il a effectué de nombreux inventaires floristiques et fauniques terrestres ou aériens dans différents habitats où il a récolté les milliers de spécimens nécessaires à la formation pratique des étudiants universitaires en botanique.