Amonia (NH3) adalah bentuk paling umum dan merupakan golongan senyawa nitrogen yang yang berasal dari limbah dan proses alam. Amonia dalam air dapat menyebabkan terjadinya kelebihan nitrogen, sehingga menjadi penyebab utama nitrifikasi karena amonia berfungsi sebagai substrat utama dalam proses nitrifikasi. Sumber nitrogen lainnya dapat mencakup kontaminasi dari limbah industri, limpasan pertanian dari pemupukan atau limbah ternak.