Yugi berhasil memenangkan turnamen Battle City dan berhak mendapatkan 3 kartu dewa! Saat ia menunjukkan 3 kartu dewa itu pada batu tulis kuno untuk mendapatkan kembali ingatannya, berkas cahaya yang kuat membawa Yugi yang satu lagi menuju perjalanannya mencari ingatannya yang hilang! Inilah awal menguak misteri Millennium Item!! Apa yang akan dihadapi Yugi yang satu lagi dalam perjalanannya itu? Dan, bagaimana dengan nasib Yugi serta kawan-kawan yang masih mencari pintu kebenaran agar bisa masuk ke dunia ingatan Yugi yang satu lagi?