Buku Memahami yang Disalahpahami ditulis untuk menjawab beberapa pertanyaan yang paling sering dibahas, tetapi juga sering disalahpahami khususnya dalam Islam. Dalam pembahasan pertama, buku ini mencoba mencari titik temu agama-agama, yang di dalam Al-Quran disebut ‘kalimat al-sawa’ (kalimat yang sama), yang mana umat Islam harus memahami agama-agama lain, khususnya agama Abrahamik (Yahudi, Kristen, dan Islam) untuk menciptakan sebuah keharmonisan antar umat beragama. Bukan hanya Yahudi, umat Islam juga perlu mengetahui ajaran agama Kristen serta doktrinnya. Al-Quran banyak menyebutkan mengenai Kristen dan tentang Nabi Isa. Dalam QS. Al-Maidah: 72-73 disebutkan bagaimana Allah melaknat trinitas, tetapi di satu sisi ayat-ayat Al-Quran tidak pernah menyebut orang Kristen sebagai orang kafir, melainkan mereka disebut sebagai ahli kitab (orang yang diberikan Alkitab). Buku ini juga membahas banyak persoalan-persoalan yang sering disalahpahami oleh masyarakat, seperti muamalah dan sistem ekonomi di Indonesia, Islam dan sains, serta pembahasan ideologi ‘kiri’ yang masih dianggap tabu di Indonesia.