El texto se conserva gracias a un manuscrito bilingüe redactado por fray Francisco Ximénez, quien se identificó como el transcriptor (de la versión, en maya quiché) y traductor de un «libro» antiguo. Basándose en esta premisa se ha postulado la existencia de una obra escrita alrededor del año 1550 por un indígena que, luego de aprender a escribir con caracteres latinos, capturó y escribió la recitación oral de un anciano. Los trabajos de Ximénez permanecieron archivados en el Convento de Santo Domingo hasta 1830, cuando fueron trasladados a la Academia de Ciencias de Guatemala. En 1854 fueron encontrados por el austriaco Karl Scherzer, quien en 1857 lo publicó en Viena bajo el título primitivo «Las historias del origen de los indios de esta provincia de Guatemala».
El abate Charles Étienne Brasseur de Bourbourg sustrajo el escrito original de la universidad, lo llevó a Europa y lo tradujo al francés. En 1861 publicó un volumen bajo el título «Popol Vuh, le livre sacré et les mythes de l’antiquité américaine». Fue él, pues, quien acuñó el nombre. Los primeros investigadores supusieron que el Popol-Vuh había sido escrito en lengua maya con caracteres latinos, recogiendo de este modo la tradición oral existente en los siglos XVI y XVII. La mención en las genealogías de personajes del periodo posterior a la conquista indican sin duda que la obra, tal como existe actualmente, es también posterior a la presencia hispánica en el área.
Las analogías con el libro bíblico del Génesis, si bien mezcladas con conceptos puramente mesoamericanos, han hecho sospechar tanto de una intervención clerical en su composición como en el resultado de un proceso de aculturación.