Suatu hari Hajime Saito, seorang polisi mantan anggota gerakan Kelompok Shinsen yang kini berganti nama menjadi Goro Fujita, datang menantang Kenshin. Namun, sebenarnya dia hendak mengukur kekuatan Kenshin atas perintah menteri dalam negeri, Toshimichi Okubo. Akan tetapi, setelah tugas itu selesai Menteri Okubo dibunuh. Peristiwa ini membuat Kenshin bertekad untuk segera pergi ke Kyoto mencari Shishio si Pembunuh Menteri...