Tras años de estar alejados del mundo humano, los hermanos tortugas se esfuerzan por conquistar a los neoyorquinos y ser aceptados como adolescentes normales a través de actos heroicos. Su nueva amiga, April O’Neil, los ayuda a luchar contra un misterioso sindicato criminal pero pronto serán sorprendidos por un ejército de mutantes que va tras ellos.