Una nueva piloto toma el control de la unidad provisional 05 y trata de detener al Tercer Ángel, que se ha escapado de la base de Betania a pesar de estar prisionero en un sistema de contención de alta seguridad.
Segunda película de la tetralogía ''Rebuild of Evangelion'', unas películas que actualizan y resumen la serie de anime' clásica ''Evangelion''. Esta producción se centra en los episodios del 7 al 12 y la principal diferencia con respecto a la serie original radica en la introducción de un personaje nuevo: la piloto Mari Makinami Illustrois.
Cabe destacar que, a pesar de que pasó por el festival de Sitges (en la categoría Anima't) o a las Japan Weekends españolas, la cinta interesó poco a los espectadores del país. En Japón, no obstante, la cinta se convirtió en el tercer anime' más taquillero del año.