Tras años apartados del mundo humano, los hermanos Tortuga quieren que los neoyorquinos los quieran y acepten como adolescentes normales realizando actos heroicos. Su amiga April O'Neil les ayuda a enfrentarse a un misterioso sindicato del crimen, pero pronto se ven superados ante el ataque de un ejército de mutantes que se abalanza sobre ellos.